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随着现代科研技术的不断发展，代谢组学的研究也越来越深入化，这种研究方向主要就是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想而展开的一种全新的研究方向，能够对生物体中所有代谢物进行相应的定量分析，而且还可以通过对代谢物与生理病变发生变化的相对关系展开一系列的探讨。这种领域的研究已经成为当下生物研究领域的一个重要组成部分。
多组学研究是近些年来一直都颇受研究者关注，在进行多组学研究的过程中，代谢组学的研究是至关重要的，同时他是帮助众多科研医药领域中研究代谢物与生理病变发生变化的一些关系，同时他的研究大多数是针对于分子质量在1000以内的小分子物质展开的，在进行这方面研究的过程中，需要先分析检测技术，结合模式识别，再利用专家系统等多种不同的计算分析方法。这也是在多组学研究中对代谢组学研究采用的最基本策略。
作为蛋白质组学的一种研究新方向，代谢组学在研究的过程中，其实采用的方法也与蛋白质组学研究方法比较相似，可以通过代谢物质文化，通过这种方式可以建立一套10分完备的识别系统识别不同化合物的特征，另外就是通过代谢轮廓分析方法展开研究。
在对代谢组学研究的过程中，借助于这些方法不仅对一些物质的代谢情况进行了解，而且对代谢物来说不仅仅只有质谱方面的特征，而且通过质谱不能检测出所有的代谢物，并不是因为这种工具的灵敏度不够，而是因为它只能检测出一些离子的化合物，但是在代谢产物中使用质谱仪是无法被离子化的，所以必须要通过全新的方法加以研究。
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