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如果说代谢组学与蛋白组学有什么区别的话，那就是代谢组学反映了身体目前的状况，而蛋白组学可以预测未来会出现什么问题。基因决定人体的蛋白质组成，也对代谢过程和代谢产物产生影响，而后者还会受外来物的影响，比如食物、温度、心理等。研究代谢组学可以为疾病的诊断和治疗提供直接信息，人们依靠这门科学研究代谢产物的种类、数量和变化规律，研究的部位遍布全身。至于研究层次或者说研究级别那就要看产物的组成了。
研究代谢组学需要从数量和性质上入手，那就需要用到色谱仪和质谱仪两类仪器，其中GC-MS与LC-MS用得比较多。前者研究酯类、类黄酮类等，后者分析有机酸、核苷酸等。赛默飞为用户提供丰富的代谢组学分析方案，有了先进的分析技术与仪器，人们在这个领域中如鱼得水。色谱仪可以将复杂的产物进行分析，高分辨率的Orbitrap 质谱仪又能准确检测和收集数据，在脂类组学的分析实验中HRAM Orbitrap LC-MS是重要角色。
有人将代谢组学当作多组学中的桥梁，可以联系不同的组学研究。因为基因数量十分庞大，人们无法通过基因组学对其中的致病因素进行全面检测，而检测某类代谢产物可以更加直接获得诊断结论，这样可以反推致病基因是否存在。当然有些疾病并非完全由致病基因引起，环境对人身健康的影响也非常大，代谢组学是筛查某些疾病的重要科学。在多组学研究中，有的人偏重直观感受，也就朝着一个方向前进，有的人则重视综合发展，那就全面掌握各个组学的知识与技能。总之不同组学之间相辅相成，互相之间可以解释，可以贯通。
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